交通运输部珠江航务管理局为交通运输部部派出机构，承担珠江水系航运行政管理职责。具体职责为：
（一）贯彻国家水路交通行业发展战略、方针政策和法律法规；开展珠江水系水运发展重大问题和体制改革研究；参与部珠江水系有关航运规章草案的拟定工作，按法定程序批准后监督实施。
（二）组织拟定珠江水系水运发展战略、中长期规划，提出珠江水系水运建设五年规划和年度计划建议；受部委托，对珠江水系报部审查审批的规划、计划及建设项目前期工作提出初步意见，参与有关审查工作和工程竣工验收工作。
（三）受部委托，负责珠江水系航运市场宏观调控和秩序监督管理。实施珠江水系省际客船、危险品船运输企业经营和新增运力的行政许可工作；实施从事内地与港澳间海上运输部分业务的行政许可工作；实施琼州海峡省际客船、危险品船运输市场监督管理工作。
（四）组织开展珠江水系水运建设市场监督管理，维护平等竞争秩序；协调珠江水系水资源综合开发利用中航运有关工作。
（五）负责协调珠江水系各省（自治区）交通运输主管部门及其航务、港口、通航建筑物等管理机构相关业务工作；指导、监督、协调珠江水系省际航道主管部门的航道管理和维护工作。
（六）指导珠江水系水路交通战备有关工作，协调珠江水系国家重点物资、应急物资水路运输，协助军事物资运输。
（七）组织开展珠江水运科技开发和信息化建设工作，参与部制订有关水运技术政策、标准和科技发展规划等工作；开展珠江水系水运统计资料的收集、整理、分析等相关工作。
（八）承担交通运输部珠江水系航运规划办公室的相关工作。
（九）承办交通运输部交办的其他工作。
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